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Con questo termine si indicano malattie dovute alla presenza di funghi sulla vegetazione della pianta. Tra questa possiamo trovare ad esempio la carie, la quale colpisce prevalentemente il tronco e le grosse branche. Rende il legno interessato fradicio, molto spugnoso e di un colore giallastro, sarà necessario alla fine dell'inverno raschiare la parte malate fino a raggiungere lo strato sano sottostante. Un'altra malattia è la cosiddetta fumaggine, essa crea sulla superficie della pianta un'incrostazione grigio-nerastra ed è favorita particolarmente da temperature abbastanza elevate. Per questo motivo è molto più sviluppata nelle regioni del Sud Italia. Il clima caldo favorisce anche lo sviluppo della lebbra, essa si manifesta con macchie grosse e rotondeggianti con la presenza di pustole gessose e marroni. Le olive colpite generalmente cadono dalla pianta, qualora dovessero rimanere sul ramo produrranno comunque un prodotto di pessima qualità.
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Una malattia molto particolare dell'olivo, è certamente l'occhio di pavone o vaiolo, che si manifesta con cerchi concentrici di color giallo scuro, i quali richiamano alla mente l'occhio presente sulla penna del pavone. Il patogeno colpisce anche rametti e frutti ed è in grado di rimanere in vita sulle foglie malate, sia che esse sia a terra, sia che esse siano ancora sulla pianta. Si sviluppa dove il terreno è argilloso, con un clima abbastanza umido e che rimanga tale per un periodo prolungato. Con trattamenti a base di rame e poltiglia bordolese è possibile curarlo, tuttavia è in grado di causare problemi rilevanti specialmente nelle piante giovani, questo perché è causa di un'importante caduta di foglie. La piombatura si presenta come una mussa di color piombo, con delle macchie gialle e marroni sulla parte superiore della foglia.
Con il termine fitofagi si indicano tutti i parassiti animali che possono infestare la pianta. Questi organismi si nutrono del contenuto di singole cellule, erodendo porzioni di tessuto dell'olivo. Uno di questi è la cocciniglia nera, parassita simile al grano del pepe che produce danni diretti su rami e foglie, causando deperimento della pianta e scarsa fruttificazione. Si sviluppa sopratutto in uliveto scarsamente curati, dove ad esempio non è stata per lungo periodo effettuata un'adeguata potatura. Un altro parassita è il fleotribo, coleottero che scava vere e proprie gallerie all'interno del legno. Una volta arrivata la primavera esce dalla pianta facendo però seccare il ramo. Le foglie e le olive cadono e non producono un buon prodotto. Per difendere la pianta è necessario aumentare le sue difese, questo può essere fatto con un'adeguata concimazione e irrigazione periodica.
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