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Anche il marciume delle radici è fra le malattie degli agrumi provocate da un eccesso di umidità del terreno e consiste nel Micelio dei funghi che si introduce nelle radici fra scorza e legno progressivamente fino a bloccare il flusso della linfa, provocando infine la morte dell'albero. La malattia si contagia di albero in albero e si riconosce facilmente dai filamenti bianchi dei funghi. Poichè, come già detto, è provocata principalmente dall'umidità, il primo rimedio da adottare è quello di effettuare un consistente drenaggio. ll marciume è fra le malattie degli agrumi quella che può riguardare oltre alle radici anche i frutti, però in quest'ultimo caso il motivo scatenante non è l'umidità bensì le lesioni presenti nel frutto e provocate per esempio dalle punture di insetti.
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E' una fra quelle malattie degli agrumi abbastanza gravi ma che stavolta colpisce i rami e rametti, è a progressione più o meno lenta (o anche fulminante) e si riconosce analizzando il ramo interessato il quale presenterà un legno giovane con una tipica zona di colore arancione. In Sicilia in particolare il malsecco ha trovato un ambiente favorevole per la sua diffusione fra i limoni mentre ne sembrano quasi immuni l'arancio e il mandarino. E' stato osservato che il periodo delle infezioni avviene fra l'autunno e l'inverno (ottobre-febbraio) e gli effetti dell'infezione si manifestano dopo 3-6 mesi; in primavera non avvengono infezioni di questo tipo di malattia degli agrumi ma solo incubazioni. Si cura tagliando fino alla parte sana il ramo interessato e bruciandolo via.
Le cocciniglie sono una fra le malattie degli agrumi più pericolose poichè si tratta di parassiti animali in grado di riprodursi in maniera prodigiosa. Sono degli insetti abbastanza fissi e di diverse specie, nomi e conseguenze sulle piante; gran parte di essi si diffonde a causa di un ambiente umido e poco arieggiato con gli alberi troppo vicini l'uno all'altro. In inverno invece, con il clima freddo, si arrestano quasi del tutto poichè vanno in letargo. I metodi per combatterle vanno dalla moltiplicazione e diffusione dei nemici naturali (predatori delle cocciniglie), alle fumigazioni fino alle irrorazioni con oli minerali. Le cocciniglie possono attaccare tanto i rami quanto i frutti e sono una fra quelle malattie degli agrumi che possono portare a un deprezzamento del prodotto.
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